Plateforme d'Imagerie du CRBS | PIC-STRA
La plateforme d’imagerie du CRBS « PIC-STRA » a pour mission d’accompagner les équipes dans leurs projets d’imagerie, qu’elles soient internes ou externes, issues du secteur académique ou privé.
Ouverte en octobre 2020, la plateforme s’étend sur 350 m² répartis en 19 salles et met à disposition une douzaine de systèmes d’imagerie photonique et électronique (stéréomicroscope, champ large, confocal, super-résolution, scanners de boîtes et de lames, microscope électronique en transmission). Cette diversité de systèmes permet une observation multi-échelle, allant du petit animal entier jusqu’aux détails subcellulaires.
PIC-STRA propose des solutions adaptées aux échantillons fixés et vivants (incluant la vidéomicroscopie) et dispose d’outils avancés pour le traitement et l’analyse d’images (IMARIS, Fiji/ImageJ, ICY, iLastik, Cellpose, Qupath).
La plateforme fait partie du Noeud Alsace de France BioImaging (anciennement RISEst), et bénéficie des labellisation IBISA, CORTECS, FBI et EBI.
Missions principales
- Mise en œuvre et optimisation des systèmes et techniques d’imagerie biologique
- Accompagnement des utilisateurs : préparation d’échantillons, choix du système, acquisition, traitement et analyse d’images
- Développement de nouvelles solutions hardware et software
- Formation théorique et pratique des étudiants et chercheurs
- Participation au réseau des plateformes d’imagerie du nœud Alsace de France BioImaging
- Maintenance et suivi des équipements
- Veille technologique
Expertises en imagerie
- Stéréomicroscopie, macroscopie
- Microscopie à champ large (lumière transmise et fluorescence)
- Microscopie confocale à balayage point par point mono- et multiphotonique
- Microscopie confocale rapide à disque rotatif (spinning-disk)
- Techniques F (FRAP, FRET, FLIM)
- Super-résolution (STED, dSTORM)
- Microscopie électronique en transmission (MET) et en balayage (MEB)
Expertises en traitement et analyse d'images
- Développements Java : création de plugins ImageJ pour l’automatisation (morphométrie, mesures d’intensité, comptage d’objets…)
- Développements Python : machine/deep learning pour la segmentation et le suivi automatisés
- IMARIS : reconstructions 3D, morphométrie 3D, tracking
- Déconvolution spectrale et spatiale (2D/3D)
- Analyse de colocalisation
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