La plateforme d'imagerie du CRBS "PIC-STRA" a pour but de soutenir les équipes de recherche académiques et privées dans leurs projets en imagerie.
Ouverte en octobre 2020, cette plateforme d’imagerie de 350 m2 met à disposition de ses utilisateurs plusieurs systèmes d’imagerie (stéréomicroscope, champ large, confocal) permettant l’observation multi-échelle, du petit animal entier aux détails subcellulaires. Elle fournit différentes solutions pour l’observation d’échantillons fixés et vivants (vidéomicroscopie) et est équipée pour le traitement et l’analyse d’images (IMARIS, Fiji/ImageJ, ICY, iLastik).
Missions principales
- la mise en œuvre et l’optimisation de systèmes et techniques d’imagerie biologique
- le soutien aux utilisateurs (préparation des échantillons, choix du système, acquisition et traitement d’images)
- le développement de nouvelles solutions hardware et software
- la formation théorique et pratique des étudiants et chercheurs
- la participation à la création du réseau de plateformes d’imagerie au niveau régional (projet RISE)
- la maintenance des appareils
- la veille technologique
Expertises principales en imagerie
- stéréomicroscopie, macroscopie
- microscopie à champ large, lumière transmise et fluorescence
- microscopie confocale à balayage par point mono et multi-photonique
- microscopie confocale rapide à disque rotatif (spinning-disk)
- F-techniques (FRAP, FRET, FLIM)
Expertises principales en traitement et analyse d'images
- développements Java : production de plugins ImageJ pour l'automatisation de tâches comme la morphométrie, la mesure d'intensité, le comptage d'objets
- développements python : utilisation du machine/deep learning pour la segmentation et le suivi automatisés d'objets
- IMARIS : reconstructions 3D, morphométrie 3D, tracking
- déconvolution spectrale et spatiale (2D/3D)
- étude de la colocalisation