Imagerie

Plateforme d'Imagerie du CRBS | PIC-STRA

La plateforme d'imagerie du CRBS "PIC-STRA" a pour but de soutenir les équipes de recherche académiques et privées dans leurs projets en imagerie.

Ouverte en octobre 2020, cette plateforme d’imagerie de 400 m2 met à disposition de ses utilisateurs plusieurs systèmes d’imagerie (stéréomicroscope, champ large, confocal) permettant l’observation multi-échelle, du petit animal entier aux détails subcellulaires. Elle fournit différentes solutions pour l’observation d’échantillons fixés et vivants (vidéomicroscopie) et est équipée pour le traitement et l’analyse d’images (IMARIS, Fiji/ImageJ, ICY, iLastik).

 

Missions principales
  • la mise en œuvre et l’optimisation de systèmes et techniques d’imagerie biologique
  • le soutien aux utilisateurs (préparation des échantillons, choix du système, acquisition et traitement d’images)
  • le développement de nouvelles solutions hardware et software
  • la formation théorique et pratique des étudiants et chercheurs
  • la participation à la création du réseau de plateformes d’imagerie au niveau régional (projet RISE)
  • la maintenance des appareils
  • la veille technologique

 

Expertises principales en imagerie
  • stéréomicroscopie, macroscopie
  • microscopie à champ large, lumière transmise et fluorescence
  • microscopie confocale à balayage par point mono et multi-photonique
  • microscopie confocale rapide à disque rotatif (spinning-disk)
  • F-techniques (FRAP, FRET, FLIM)

 

Expertises principales en traitement et analyse d'images
  • développements Java : production de plugins ImageJ et FIji pour l'automatisation de tâches comme la morphométrie, la mesure d'intensité, le comptage d'objets
  • développements python : utilisation du machine learning pour la segmentation automatisée d'objets
  • IMARIS : reconstructions 3D, morphométrie 3D, tracking
  • déconvolution spectrale et spatiale (2D/3D)
  • étude de la colocalisation